通过微生物学，人们开始认识到在地球上与人类相伴的，除了一个由众多动物、植物构成的肉眼可见的生物世界之外，还活跃着一个单凭肉眼看不到的微生物世界。这些微生物无孔不入，生活在自然界的各个角落。传统酿造食品的发酵、储存离不开风味，而风味的形成又依赖关键微生物的协同作用。那么，黄酒酿造、储存过程中，微生物起到怎样的作用呢？
黄酒属于多菌种混合发酵酒种，黄酒酿造是利用富含大量微生物(主要为酵母菌、霉菌、放线菌和细菌)的酒药以及麦曲发酵，酒中大量微生物生长繁殖、发酵而成。黄酒的酿造需具备独特的水系、土壤、热量、气候、微生物等生态环境，而这些生态特征使黄酒在酿造过程中形成独特的产品风格。
江南大学传统酿造食品研究中心科研团队的基础研究表明，一瓶黄酒是在1420多种酿造微生物的作用下，共同代谢数十万条基因，经过90天发酵而成，富含674种风味物质。酿酒微生物来源于区域环境并在区域环境中定植，进而与发酵醪相互作用推动了风味的形成，因此不同地域黄酒风格具有显著的差异。
传统黄酒的魅力，在于产区特有的微生物群参与发酵，赋予黄酒产区特有的风味。不同的生态环境造就了黄酒酿造过程中微生物菌群的多样性，进而对黄酒品质有着重要影响。为更好地协调黄酒微生物的代谢分工，江南大学传统酿造食品研究中心科研团队运用高通量测序宏基因组学技术进行黄酒酿造微生物多样性研究，分析了1420多种微生物的135097条基因序列，并建立了微生物与黄酒风味化合物间的代谢网络；此外，解析了黄酒中102种风味物质的代谢网络形成途径，为黄酒发酵过程中品质的调控及提升提供了重要的科学依据。
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